2018年7月经上海大学党委常委会研究决定，设立上海大学后勤保障部，与保卫处合署办公。
为深化后勤保障部机构改革，提升后勤治理能力和治理水平，经2023年4月26日校党委常委会研究决定，保卫处、基建处与后勤保障部合署办公。
一、主要职责
贯彻执行国家的相关方针，按照学校事业发展规划，以保障学校高水平大学建设为目标，以服务师生为宗旨，不断提升管理水平，提高服务质量，建立健全相关规章制度和完善管理服务工作流程。
后勤保障部（保卫处、基建处）负责学校后勤保障、安全保卫、基本建设等工作，落实推进校园安全保卫、基本建设、物业管理、餐饮管理、商业管理、公寓管理、学术服务、医疗服务等管理服务保障工作。
二、内设机构
后勤保障部内设经营管理办公室、风险控制办公室、财务办公室、人力资源办公室、餐饮管理中心、商业管理中心、物业管理中心、公寓管理中心、乐乎学术服务中心，下设校医院。学校爱国卫生运动委员会办公室、能源管理办公室挂靠物业管理中心，计划生育委员会办公室挂靠校医院。
（一）经营管理办公室
负责后勤政策规划制定、行业研究和战略管理；负责后勤经营计划的制定、实施及分析，组织业务中心绩效管理，加强成本控制；负责后勤招标采购管理、供应商管理、询价管理；全面协调后勤生产经营业务，为后勤资源调度、整合提供支持；统筹管理后勤保障部各业务中心经营及考核等工作。负责后勤保障部经营分析与计划制定、计划总结与战略规划、来访接待与外出交流、大型活动统筹与安排、信息化建设与推进等业务。
（二）风险控制办公室
负责对后勤服务的安全、质量、合规性进行归口管理；通过制度流程的统一制定、完善，统筹管理监督后勤保障部各业务的风险、法务、合规、安全质量、应急、职业健康体系等工作，规避经营风险，提高服务质量等。负责制度建设、综合协调等日常行政管理、办文办会及督查、督办工作、合同审核等法务相关风险防控工作、家具资产管理、宣传与文明建设等业务。
（三）财务办公室
负责后勤财务核算、财务分析、预算管理、决算管理、财务档案与财务印章管理、成本费用管理等，开展部门层面的集中核算，推进预算制定、预算执行、预算控制的闭环管理，完成后勤保障部统一财务分析，为经营决策提供数据支撑等。
（四）人力资源办公室
负责后勤人力资源管理各模块工作，加强人力资源规划，盘活后勤人力资源，统筹人员招聘与配置、培训与发展，建立员工薪酬及绩效管理体系，统筹人事档案管理和专技人员管理等。
（五）餐饮管理中心
负责学校自营食堂、外包食堂、配膳管理等工作，承担全校师生日常供餐、学校各类活动餐饮保障、驻校社会餐饮企业日常管理、日常食品卫生安全和安全生产等工作。负责食品卫生安全全流程管控，落实消防安全及生产操作安全管控等，规范餐饮全流程运营。
（六）商业管理中心
负责整体商业统筹规划。负责学校商铺和场地出租出借、场地租赁、设备租赁、自营部门管理，以及与学生生活相关的服务引进管理等工作。负责商用住房、经营性场地管理，汽运中心、收发室、固定电话及其他校园所需业务等业务管理。
（七）物业管理中心
负责校园绿化养护、自营苗圃管理、保洁管理、东区综合物业管理、后勤零星维修、设施设备维保等工作。配合做好能源管理、爱国卫生运动、垃圾分类、防汛防台等工作。
（八）公寓管理中心
负责教师专家公寓、国际学生公寓等管理服务工作，协调本科生、研究生公寓的日常生活服务保障工作。
（九）乐乎学术服务中心
负责乐乎楼、乐乎新楼管理和多校区招待所管理工作，统筹校内外会务接待、活动安排、住宿服务与学术服务相关的场地一站式服务，提升服务质量管理水平等。
（十）校医院
负责学校基本医疗、公共卫生、计划生育、医疗保健培训等工作。